一、基本规定
《中华人民共和国企业所得税法》第五十条规定，居民企业在中国境内设立不具有法人资格的营业机构的，应当汇总计算并缴纳企业所得税。
二、具体规定
国税发[2008]28号文对跨地区经营总分支机构企业所得税征收管理办法的规定如下：
（一）适用对象：居民企业在中国境内跨地区（指跨省、自治区、直辖市和计划单列市）设立不具有法人资格的营业机构、场所的，该居民企业为汇总纳税企业（不包括所缴所得税未纳入中央和地方分享范围的企业）。
（二）总体原则：统一计算、分级管理、就地预缴、汇总清算、财政调库
（三）需就地预缴的分支机构：
1、总机构和具有主体生产经营职能的二级分支机构，就地预缴企业所得税；二级分支机构及其下属机构均由二级分支机构集中就地预缴企业所得税。
2、总机构设立具有独立生产经营职能部门，且其经营收入、职工工资和资产总额与管理职能部门分开核算，可将其视同一个分支机构，就地预缴。
（四）不就地预缴的分支机构
1、三级及以下分支机构不就地预缴，其经营收入、职工工资和资产总额统一计入二级分支机构。
2、不具有主体生产经营职能，且在当地不缴纳增值税、营业税的产品售后服务、内部研发、仓储等企业内部辅助性的二级及以下分支机构。
3、上年度认定为小型微利企业的分支机构；
4、新设立的分支机构在设立当年；
5、企业在中国境外设立的不具备法人资格的营业机构；
（五）就地预缴方法：
1、计税依据：依据当期实际利润额计算分摊。按实际利润额预缴困难的，经总机构所在地主管税务机关认可，可按上一年度应纳税所得额的1/2或1/4计算预缴。
2、分摊方法及比例：
（1）50%在总分支机构间分摊预缴，50%由总机构预缴。
（2）总机构按照以前年度（1-6月份按上上年度，7-12月份按上年度）分支机构的经营收入、职工工资和资产总额三个因素计算各分支机构应分摊所得税款的比例，计算公式如下：
某分支机构分摊比例=0.35*（该分支机构营业收入/各分支机构营业收入之和）+ 0.35*（该分支机构工资总额/各分支机构工资总额之和）+ 0.3*（该分支机构资产总额/各分支机构资产总额之和）
（六）汇算清缴规定：总机构在年度终了后5个月内，按规定进行汇总纳税企业的所得税年度汇算清缴。各分支机构不进行企业所得税汇算清缴。
三、补充规定：
（一）国税函[2009]221号文：
1、二级分支机构的判定：二级分支机构是指总机构对其财务、业务、人员等直接进行统一核算和管理的领取非法人营业执照的分支机构。
二级分支机构在办理税务登记时需提供总机构出具的有效证明（总机构拨款证明、总分机构协议或合同、公司章程、管理制度等），否则视同独立纳税人计算并就地缴纳企业所得税。
2、总分支机构处于不同税率地区企业所得税分摊计算方法：
（1）总机构统一计算全部应纳税所得额；
（2）按照国税发[2008]28号文的分摊方法计算不同税率地区机构的应纳税所得额；
（3）按各自的适用税率计算应纳税额并加总计算企业的应纳所得税总额；
（4）按照国税发[2008]28号文规定的比例和三因素权重分摊就地预缴的企业所得税款。
（二）国税函[2008]747号文规定，跨地区汇总纳税企业的所得税收入涉及到跨区利益，跨区法人应健全财务核算制度并准确计算经营成果，不适用国税发[2008]30号文关于企业所得税核定征收的规定。
（三）国税函[2008]958号文规定，对于外商独资银行当年新设立的跨地区经营分支机构，因总机构无法获得新设分支机构上上年度的经营收入、职工工资和资产总额三个因素的相关数据而未分配税金的，新设立分支机构在次年上半年可不就地预缴企业所得税。其他跨地区经营汇总纳税企业，符合上述情况的，参照该规定执行。
四、特别规定：
国税函[2010]156号文对跨地区经营建筑企业所得税征收管理办法规定如下：
（一）总体原则：按照国税发[2008]28号文的规定执行。
（二）关于项目部企业所得税缴纳的规定：
1、建筑企业所属二级或二级以下分支机构直接管理的项目部（包括与项目部性质相同的工程指挥部、合同段等）不就地预缴企业所得税，其经营收入、职工工资和资产总额应汇总到二级分支机构统一核算，由二级分支机构按照国税发[2008]28号文件规定的办法预缴企业所得税。
2、建筑企业总机构直接管理的跨地区设立的项目部，应按项目实际经营收入的0.2%按月或按季由总机构向项目所在地预分企业所得税，并由项目部向所在地主管税务机关预缴。
3、跨地区经营的项目部应向项目所在地主管税务机关出具总机构所在地主管税务机关开具的《外出经营活动税收管理证明》。不能提供上述证明的，应作为独立纳税人就地缴纳企业所得税。
（三）就地预缴方法：
1、总机构只设跨地区项目部的，扣除已由项目部预缴的企业所得税后，按照其余额就地缴纳；
2、总机构只设二级分支机构的，按照国税发[2008]28号文件规定计算总、分支机构应缴纳的税款；
3、总机构既有直接管理的跨地区项目部，又有跨地区二级分支机构的，先扣除已由项目部预缴的企业所得税后，再按照国税发[2008]28号文件规定计算总、分支机构应缴纳的税款。
