纳税人申请减税免税应办理如下手续：

1、纳税人申请减税免税必须向主管税务机关提出书面报告，说明申请减税免税的原因，减免税金的用途，提供可靠的数据资料，并提出减税免税后可能达到的经济效益目标和可行的措施。

2、主管税务机关在接到纳税人减税免税申请后，必须对纳税人的减免税申请报告认真地逐项核实，提出具体的初审意见和报告，并按税务管理体制的规定逐级上报税务机关。

3、上级税务机关按照税收管理体制的规定，对纳税人的减税免税申请和下级税务机关提出的初审意见进行审批，对金额较大或影响面广的减税免税申请，派人进行调查，然后作出审批。符合减税免税条件的，批准纳税人减税免税，对不符条件的申请，不予批准。 

4、对减税免税期满的纳税人，应当按期恢复征税；个别纳税人恢复纳税仍有困难的，应当按规定重新办理减免税申报审批手续。