2011年9月14日国家税务总局颁布第49号公告，废止《国务院办公厅转发国家税务总局关于全面推广应用增值税防伪税控系统意见的通知》（国办发[2000]12号）第三条中“凡逾期未申报认证的，一律不得作为扣税凭证，已经抵扣税款的，由税务机关如数追缴，并按《中华人民共和国税收征收管理法》的有关规定进行处罚”的规定。并规定，2007年1月1日以后开具的增值税扣税凭证逾期未认证或未稽核比对如何处理问题，另行公告。
    为完善第49号公告，国家税务总局已颁布50号公告——《关于逾期增值税扣税凭证抵扣问题的公告》，该公告针对逾期且未认证的增值税扣税凭证抵扣进项税额问题作了详细规定。现在国家税务总局又颁布第78号公告——《关于未按期申报抵扣增值税扣税凭证有关问题的公告》，针对增值税一般纳税人取得的已认证或已采集上报信息但未按照规定期限申报抵扣的增值税扣税凭证抵扣进项税额问题作了规定。
    公告所指的增值税扣税凭证，包括增值税专用发票（含货物运输业增值税专用发票）、海关进口增值税专用缴款书和公路内河货物运输业统一发票。
    78号公告规定，增值税一般纳税人取得的增值税扣税凭证已认证或已采集上报信息但未按照规定期限申报抵扣；实行纳税辅导期管理的增值税一般纳税人以及实行海关进口增值税专用缴款书“先比对后抵扣”管理办法的增值税一般纳税人，取得的增值税扣税凭证稽核比对结果相符但未按规定期限申报抵扣，经主管税务机关审核符合条件的，允许纳税人继续申报抵扣其进项税额。并随公告下发了《未按期申报抵扣增值税扣税凭证抵扣管理办法》，对企业应报送资料、税务机关如何审核等问题做了具体规定。
    一、可继续抵扣进项税额应满足条件
    公告规定，属于发生真实交易且符合以下所列客观原因的，可继续抵扣进项税额：
    （一）因自然灾害、社会突发事件等不可抗力原因造成增值税扣税凭证未按期申报抵扣；
    （二）有关司法、行政机关在办理业务或者检查中，扣押、封存纳税人账簿资料，导致纳税人未能按期办理申报手续；
    （三）税务机关信息系统、网络故障，导致纳税人未能及时取得认证结果通知书或稽核结果通知书，未能及时办理申报抵扣；
    （四）由于企业办税人员伤亡、突发危重疾病或者擅自离职，未能办理交接手续，导致未能按期申报抵扣；
    （五）国家税务总局规定的其他情形。
    通过比较发现，78号公告取消了50号公告中：“增值税扣税凭证被盗、抢，或者因邮寄丢失、误递导致逾期”的情形。可能是由于已经认证过或已采集上报信息的增值税扣税凭证一般不再会出现这些情形。
    二、纳税人需要报送资料
    纳税人申请办理抵扣时，应报送如下资料：
    （一）《未按期申报抵扣增值税扣税凭证抵扣申请单》。
    （二）《已认证增值税扣税凭证清单》。
    （三）增值税扣税凭证未按期申报抵扣情况说明。纳税人应详细说明未能按期申报抵扣的原因，并加盖企业印章。①对客观原因不涉及第三方的，发生自然灾害、社会突发事件等不可抗力原因的，纳税人应详细说明自然灾害或者社会突发事件发生的时间、影响地区、对纳税人生产经营的实际影响等；企业办税人员擅自离职，未办理交接手续的，纳税人应详细说明事情经过、办税人员姓名、离职时间等，并提供解除劳动关系合同及企业内部相关处理决定。②涉及第三方的，企业办税人员伤亡或者突发危重疾病的，应提供公安机关、交通管理部门或者医院证明；有关司法、行政机关在办理业务或者检查中，扣押、封存纳税人账簿资料，导致纳税人未能按期办理申报手续的，应提供相关司法、行政机关证明。③对于因税务机关信息系统或者网络故障原因造成纳税人增值税扣税凭证未能按期申报抵扣的，主管税务机关应予以核实。
    （四）未按期申报抵扣增值税扣税凭证复印件。
    三、主管税务机关工作
    主管税务机关受理纳税人申请后，应认真审核相关信息，审核无误后，给企业发送《未按期申报抵扣增值税扣税凭证允许继续抵扣通知单》，企业凭《通知单》进行申报抵扣。
    此时注意与50号公告的区别，50号公告规定，对增值税一般纳税人发生真实交易但由于客观原因造成增值税扣税凭证逾期的，经主管税务机关审核、逐级上报，由国家税务总局认证、稽核比对后，对比对相符的增值税扣税凭证，允许纳税人继续抵扣其进项税额。
    四、公告施行时间
    本公告自2012年1月1日起施行，增值税一般纳税人取得2007年1月1日以后开具，2012年1月1日前发生的未按期申报抵扣增值税扣税凭证，可在2012年6月30日前按本公告规定申请办理，逾期不再受理。