实例分析为促进企业连锁经营的健康、有序发展，规范和加强企业连锁经营财务管理，根据财政部印发的《企业连锁经营有关财务管理问题的暂行规定》，结合《中华人民共和国增值税暂行条例》和财政部、国家税务总局《关于连锁经营企业增值税纳税地点问题》的通知等规定，企业连锁经营有关增值税的会计核算应注意：同一地区和城市的连锁企业，实行“总部———分店”管理模式。总部对分店的商品配送，作为内部移库处理，统一核算，统一申报缴纳增值税。
    例：某服装销售连锁企业在同城有3家直销连锁分店，是小规模纳税人。1999年1月，3家分店销售情况，甲店实现销售收入31.2万元（含税）；乙店实现销售收入20.8万元（含税）；丙店实现销售收入10.4万元（含税），由总店计算、申报、缴纳增值税。
    销售额＝（含税销售额）÷（1＋征收率）＝（312000＋208000＋104000）÷（1＋4％）＝600000（元）。
    会计处理借：银行存款62.4
              贷：应交税费———应交增值税2.4
                  主营业务收入60
    借：应交税费———应交增值税2.4
       贷：银行存款2.4
    跨地区经营的直销连锁企业，可在非总部所在地区或城市设置地区总部，实行“总部─地区总部─分店”的管理模式。总部对地区总部的商品配送，作为销售处理，由总部统一核算，统一向总部所在地主管税务机关申报、缴纳增值税。
    某家电连锁总店，是增值税一般纳税人，有跨地区连锁店2个。1999年1月，总店购进50万元的家电，进项税金8.5万元，取得专用发票，已付款。由总店对跨地区连锁店配送商品，开具专用发票。其中：A店30万元，销项税金5.1万元；B店40万元，销项税额6.8万元。总店统一计算、申报、缴纳增值税。
    总店购进家电会计分录：借：商品采购50
                              应交税费———应交增值税（进项税额）8.5
                            贷：银行存款58.5万元
    总店对跨地区连锁店配送商品会计分录：借：应收账款———A店35.1
                                            应收账款———B店46.8
                                          贷：应交税费———应交增值税1.9
                                              主营业务收入70万元。
    总店缴纳增值税会计分录：借：应交税费———应交增值税3.4
                              贷：银行存款3.4
    注：应交增值税＝119000－85000＝34000（元）。
    这里需要说明，跨地区经营的直销连锁企业，即连锁店的分店均由总部全资或控股开设，在总部领导下统一经营的连锁企业，要求采取微机联网，实行统一采购配送商品，统一核算，统一规范化管理和经营，并经有关国税机关会同财政部门审批同意，可对总店和分店实行由总店向其所在地主管税务机关统一申报缴纳增值税。
    自愿连锁、特许连锁，其纳税地点不变，仍由各独立核算分店分别向所在地主管税务机关申报缴纳增值税。