防伪税控报税子系统和防伪税控认证子系统采集的增值税专用发票存根联数据和抵扣联数据，是增值税计算机稽核系统发票比对的唯一数据来源。为了保证专用发票数据的及时性、准确性和完整性，有关规定如下:
1.征收机关采集专用发票存根联数据时，对使用DOS版防伪税控开票子系统的企业，必须要求其报送专用发票存根联明细数据软盘和IC卡;对使用Windows版开票子系统的企业，只要求其报送IC卡。
2.对有主、分开票机且使用DOS版开票子系统的企业，征收机关必须要求其报送汇总软盘和汇总的主开票机IC卡，或所有软盘(软盘数量不小于开票机数量)和汇总的主开票机IC卡;对使用Windows版开票子系统的企业，征收机关必须要求其报送所有主、分开票机IC卡。
3.征收机关通过报税子系统，对使用DOS版开票子系统企业报送的软盘数据和IC卡数据进行核对;对使用Windows版企业报送的IC卡中明细数据和汇总数据进行核对，两者一致的，存人报税子系统。
4.征收机关对使用DOS版开票子系统企业报送的软盘数据和IC卡数据，通过报税子系统核对不一致的，区别不同情况处理:
(1)因企业硬盘损坏等原因造成软盘中专用发票存根联份数小于IC卡的，必须要求企业提供当月全部专用发票存根联(或其他联，下同)，通过认证子系统进行扫描补录，并经过报税子系统中的"非常规报税/存根联补录补报"采集。
(2)因企业更换金税卡等原因造成软盘中专用发票存根联份数大于IC卡(不含IC卡为零的情况)的，其软盘中所含专用发票存根联明细数据可经过"非常规报税/软盘补报"采集，但当月必须查明产生此种不一致情况的原因并采取措施解决。
(3)因企业计算机型号不匹配造成IC卡中专用发票存根联数据为零的，根据系统提示，其软盘数据存入报税子系统或要求企业持专用发票存根联到征收机关通过认证子系统进行扫描补录，并经过报税子系统中的"非常规报税/存根联补录补报"采集。
(4)征收机关因企业软盘质量问题致使无法采集专用发票存根联数据的，必须要求企业重新报送软盘。
5.征收机关对使用Windows版开票子系统的企业因更换金税卡或硬盘损坏等原因，不能报税的，区别不同情况处理:
(1)因企业更换金税卡等原因造成企业实际开具专用发票存根联份数大于IC卡的，应要求企业提供当月全部专用发票存根联，通过认证子系统进行扫描补录，并经过报税子系统的"非常规报税/存根联补录补报"采集;如扫描补录有困难的，可以通过企业开票子系统传出报税软盘，并经过报税子系统的"非常规报税/软盘补报"采集。
(2)因企业硬盘、金税卡同时损坏等原因不能报税的，必须要求企业提供当月全部专用发票存根联，通过认证子系统进行扫描补录并经过报税子系统的"非常规报税/存根联补录补报"采集。
6.纳税申报期结束后，征收机关必须运用报税子系统查询未申报企业，并要求其限期报税，以便采集专用发票存根联数据。
在专用发票存根联数据传人稽核系统前，对逾期来报税的企业，可经过报税子系统中的"非常规报税/逾期报税"采集。
7.征收机关对上月漏采的专用发票存根联数据必须经过"非常规报税/逾期报税"采集。
8.对注销或取消增值税一般纳税人资格的企业当月开具的专用发票存根联数据，必须经过"非常规报税/注销一般纳税人资格企业报税"采集。
9.征收机关运用认证子系统对企业报送的专用发票抵扣联或专用发票抵扣联软盘数据进行识伪认证，认证相符(包括计算机自动认证相符和人工校正认证相符)的，读入认证子系统。
10.征收机关应要求利用软盘认证的企业，认证时必须同时携带专用发票抵扣联原件。
11征收机关运用认证子系统对企业报送的专用发票抵扣联或专用发票抵扣联软盘数据进行识伪认证时，对认证不符或密文有误的专用发票，必须当即扣留;对网上认证结果为"认证未通过"的专用发票抵扣联，应在发现的当日通知企业于2日内持专用发票抵扣联原件到税务机关再次认证，对认证不符的或密文有误的专用发票，必须当即扣留。征收机关应将扣留的专用发票抵扣联原件及电子数据移送稽查局查处。
12.企业报送的专用发票抵扣联，如果报送征收机关时已榴皱、揉搓，无法运用认证子系统进行认证，征收机关可对企业所取得相应的发票联进行认证(采集)。上述所称"认证相符"是指打印在增值税专用发票抵扣联票上的84位密文，经解密后的数据与同一增值税专用发票票面上的"发票代码"、"发票号码"、"开票时间"、"购货方纳税人识别号"、"销货方纳税人识别号"、"金额"、"税额"等7项数据比对完全相符，且增值税专用发票购货方纳税人识别号与所申报企业纳税人识别号一致。"认证不符"是指上述数据有一项或多项不符，或识别号不一致。"密文有误"是指打印在增值税专用发票抵扣联票上的84位密文清晰可辨且识别或录入正确无误，但防伪税控认证子系统无法解密。
"无法认证"是指上述密文或数据有一项或多项由于污损、裙皱、揉搓等原因无法辨认，导致防伪税控认证子系统不能产生认证结果。
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